清净寺位于泉州市南涂门街，初名“圣友之寺”，又称“艾苏哈卜清真寺”，于北宋大中祥符二年（1009年）即回历400年，仿照叙利亚大马士革伊斯兰教礼拜堂所建造，占地面积约二千五百平方米，是我国现存最早、独具典型古阿拉伯伊斯兰教建筑风格、国内罕见的石结构清真古寺。元代至大三年（1310年），侨居泉州的波斯（伊朗）穆斯林艾哈默德•本•穆罕默德•贾德西曾出资重修清净寺，元至正十年（1350年）、明万历三十七年（1609年）又经历两次重修，至今仍保持当年创建时的风貌。

　　清净寺现存的主要建筑有寺门、礼拜大殿和明善堂。

　　寺门朝南，高20米，宽4米，全部用青、白花岗石砌筑而成的。门楼由四道拱门、三个隔间组成。第一个隔间是星形穹窿，由灰绿岩雕砌的龙骨状尖拱门连接半穹窿的顶盖构成，穹顶悬垂着一朵莲花，四周砌着呈放射星形的枝肋。第二隔间用花岗岩雕刻嵌成半穹窿形，穹窿的四壁饰以蜂巢状的图案。第三隔间是正方体石砌四壁，上用砖砌尖头拱形圆顶。寺门的顶层是望月台，是伊斯兰教徒望月决定斋月起斋日期的地方，元末明初毁于战火。平台的三面都环筑着“回”字形的垛子，像城楼一样，楼上至今仍有“月台”二字。

　　 寺门后西侧为奉天坛，又称礼拜殿，殿南墙长23米、高6米，中开8个大窗，占地面积约600平方米，殿西墙朝向伊斯兰圣地麦加。殿的四壁用花岗石砌成，墙上横嵌长列的阿拉伯文石刻，墙中部凹入为“拜坛”，称“米哈拉布”，习称“壁龛”，壁龛中浮雕着阿拉伯文《古兰经》经句，为讲经之所。拜坛两侧有6个尖拱宝盖状石龛，均有浮雕阿拉伯文。大殿的圆顶在1607年的地震中塌毁，仅余12根柱及9根残柱，迄今未能恢复，殿内的设施和圆顶遗物仍深埋在大殿之下，致使大殿现有地面增高了一米多。

　　由于无法复建主礼拜大殿的圆顶，公元1609年穆斯林在寺内增建一间小礼拜殿——位于寺西北角的明善堂。明善堂为东西两落中国式的砖木结构建筑，能容纳30多人祈祷。堂内墙壁上镶嵌有宋、元时古阿拉伯文的石刻。明善堂屡修屡塌，现存建筑系近代改建。

　　清净寺是中国与阿拉伯各国友好往来和文化交流的历史见证。寺门的东侧有“祝圣亭”，亭壁嵌立两块巨碑。一方是明初翻刻元至正十年（公元1350年）三山吴鉴撰写的《重建清净寺碑记》；另一方是明代万历三十七年泉州解元李光缙撰写的重修碑记。清净寺自创建以来，一直受到泉州群众的妥善保护，寺内至今还保存有永乐五年（1407年）明成祖朱棣敕发保护清净寺及伊斯兰教的《敕谕》碑刻一方。